Hầu hết những chiếc Type II đã hoạt động tắc chiến trong những năm đầu chiến tranh, và sau đó đảm nhiệm vai trò huấn luyện tại các căn cứ. Sáu chiếc đã được tháo dỡ và vận chuyển theo đường sông đến Linz thuộc sông Danube, nơi chúng được lắp ráp lại và sử dụng để chống lại Liên Xô tại Hắc Hải. Trái ngược với phần lớn các lớp tàu ngầm U-boat khác, chỉ có ít chiếc Type II bị mất trong chiến đấu, điều này phản ảnh việc chúng chỉ được sử dụng chủ yếu cho vai trò huấn luyện, nhưng nhiều chiếc đã bị mất do tai nạn.

Việc phát triển những chiếc Type II là những bước đi đầu tiên trong việc tái vũ trang, nhằm mục đích cung cấp cho Hải quân Đức kinh nghiệm đóng và sử dụng tàu ngầm, đặt nền tảng cho những tàu ngầm lớn hơn trong tương lai. Chỉ có một chiếc duy nhất còn sống sót là chiếc nguyên mẵu Vesikko của Phần Lan.